L'estudi de la segregació fenotípica a la generació F2 ens ha de permetre proposar el control genètic del caràcter qualitatiu. Per fer això haurem de comparar les freqüències observades dels nostres fenotips amb les freqüències esperades segons els difrents tipus de control genètic (Taules 1 a 3). Com es pot observar a continuació, els tipus de control genètic que haurem de contrastar vénen determinats pel número de fenotips diferents que observem a la nostra població. Com a exemple, si observem dos fenotips en la segregació només haurem de contrastar les hipòtesi "herència dominant" (3:1), "epístasi recessiva duplicada" (9:7), "epístasi dominant duplicada" (15:1) i "epístasi dominant recessiva" (13:3).

Taula 2. Control per dos gens (sense epístasi)

Taula 3. Control per dos gens (amb epístasi)